Victor Baptista iniciou a sua carreira profissional em 1976 na Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto – FEUP – como Assistente, primeiro no Departamento de Física Aplicada e depois no Departamento de Produção, Transporte e Distribuição de Electricidade.

Em 1980 Ingressa na EDP para a Direcção Central de Planeamento e, no decorrer do processo de desverticalização do sector iniciado nos anos 90, passa a integrar os quadros da REN como Director de Planeamento. Nesta fase assume a coordenação, pelo lado da REN, do processo de separação da REN da EDP através da aquisição pelo Estado Português de 70% do capital da REN.  

De 2001 a 2010, foi membro da Comissão Executiva da Administração da REN, assumindo actualmente a posição de Director de Relações Institucionais. A nível nacional, para além de representações em várias Organizações do sector energético, assume a presidência do CIGRÉ – Comité das Grandes Redes Eléctricas. A nível internacional é actualmente Vice Presidente da Med-TSO, organização que agrega todos os TSOs da zona do Mediterrâneo.  

Em complemento ao curso de Engenharia Electrotécnica pela FEUP, ele completou diversos cursos de formação na área técnica ( modelização de sistemas energéticos na Universidade de Chicago ) e na área de gestão (AESE em Portugal e na USW na Alemanha ).