João Pedro Soeiro de Matos Fernandes nasceu em Águeda, em 1967.

Licenciou-se em Engenharia Civil pela Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto em 1991 (opção de Planeamento Territorial) e concluiu o Mestrado em Transportes no Instituto Superior Técnico, em Lisboa, em 1995.

Entre 1990 e 1995 trabalhou na Comissão de Coordenação da Região Norte (Ordenamento do Território), tendo sido o coordenador do setor dos transportes.

Foi Adjunto do Secretário de Estado dos Recursos Naturais entre 1995 e 1997 e Chefe de Gabinete do Secretário de Estado Adjunto da Ministra do Ambiente entre 1997-99. 

Foi Administrador da Quarternaire Portugal, Consultoria para o Desenvolvimento, SA, entre 1999 e 2005. 

Foi Vogal do Conselho da Administração dos Portos do Douro e Leixões entre abril de 2005 e maio de 2008 e Presidente do Conselho de Administração da Administração dos Portos do Douro e Leixões entre abril de 2008 e maio de 2012. 

Foi Presidente do Conselho de Administração da Administração do Porto de Viana do Castelo desde a janeiro de 2009 até maio de 2012.

Foi Presidente da Associação dos Portos Portugueses, entre 2008 e 2010.

Foi Docente do Instituto Superior Técnico (Infraestruturas) e do Instituto Superior de Transportes (Impactos Energéticos e Ambientais dos Transportes). Lecionou como convidado em mestrados nas Universidades do Porto, Técnica de Lisboa e de Nápoles. Entre 2012 e 2013 foi assessor do Conselho de Administração das empresas Terminais do Norte e Portos do Norte (Grupo Manica), assumindo funções de gestão do Porto de Nacala, em Moçambique. 

Foi Presidente do Conselho de Administração da Águas do Porto de 2014 a 2015.

Foi Ministro do Ambiente no XXI Governo Constitucional até outubro de 2018, sendo posteriormente Ministro do Ambiente e da Transição Energética.