João Pedro Matos Fernandes nasceu em Águeda, em 1967.

Licenciou-se em Engenharia Civil pela Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto em 1991 (opção de Planeamento Territorial) e concluiu o Mestrado em Transportes no Instituto Superior Técnico, em Lisboa, em 1995.

Entre 1990 e 1995 trabalhou na Comissão de Coordenação da Região Norte (Ordenamento do Território), tendo sido o coordenador do setor dos transportes.

Foi Adjunto do Secretário de Estado dos Recursos Naturais entre 1995 e 1997 e Chefe de Gabinete do Secretário de Estado Adjunto da Ministra do Ambiente entre 1997 e 1999.

Foi Administrador da Quarternaire Portugal, Consultoria para o Desenvolvimento, SA, entre 1999 e 2005.

Foi Vogal do Conselho da Administração dos Portos do Douro e Leixões entre abril de 2005 e maio de 2008 e Presidente do Conselho de Administração da Administração dos Portos do Douro e Leixões entre abril de 2008 e maio de 2012.

Foi Presidente do Conselho de Administração da Administração do Porto de Viana do Castelo desde a sua criação (janeiro de 2009) até maio de 2012.

Foi Presidente da Associação dos Portos Portugueses, entre abril de 2008 e abril de 2010.

Foi Docente do Instituto Superior Técnico (Infraestruturas) e do Instituto Superior de Transportes (Impactes Energéticos e Ambientais dos Transportes).

Leccionou como convidado em mestrados nas Universidades do Porto, Técnica de Lisboa e de Nápoles.

Tem inúmeras participações públicas e como docente convidado na área dos transportes, infraestruturas e território.

Entre junho de 2012 e dezembro de 2013 foi assessor do Conselho de Administração das empresas Terminais do Norte e Portos do Norte (Grupo Manica), assumindo funções de gestão do Porto de Nacala em Moçambique.

Foi Presidente do Conselho de Administração da Águas do Porto de janeiro de 2014 a novembro de 2015.

É Ministro do Ambiente desde novembro de 2015.