Rui Marmota formou-se em Engenharia Química no Instituto Superior Técnico, tem uma pós-graduação em Refinação de Petróleos e Petroquímica pela FCT/Universidade Nova de Lisboa e possui a parte curricular do MBA em Gestão Geral, pela EPCEE/Universidade Católica Portuguesa.

Iniciou a carreira profissional na Petroquímica e Gás de Portugal (PGP), em 1981, onde foi responsável de processo por diversas unidades fabris associadas à produção de amoníaco e gás de cidade. Em 1986 assumiu o cargo de diretor de produção da fábrica de anidrido ftálico, que lhe permitiu participar em projetos internacionais através da colaboração com a Davy McKee Zimmer.

Em 1994 integrou a equipa de projeto da Transgás, SPGN, assumindo a responsabilidade pelo desenvolvimento e implementação das áreas de despacho, operação e manutenção do gasoduto de alta pressão de gás natural, que continuou a gerir após integração da empresa na Galpenergia em 1999.

Quadro da REN desde setembro de 2006, data da operação de compra e venda dos ativos de alta pressão do setor do gás entre REN e Galpenergia, foi responsável pela Gestão do Sistema de Gás Natural até 2016 e atualmente desempenha o cargo de Diretor de Planeamento de Redes de Eletricidade e Gás Natural.